Arsyeja ka qenë bazike, dhe u ngjet gjithë arsyeve përse njerëzit në politikë hyjnë në konflikt me Sali Berishën. Ai donte ta përdorte Ibrahim Rugovën në funksion të pushtetit të tij në Shqipëri. Në fillim donte të përdorte vijën e tij paqësore për t’u treguar dhe vetë si i moderuar me SHBA dhe Evropën lidhur me çështjen e Kosovës. Madje, në takimin me Presidentin Klinton në shtator të vitit 1995, pa ia kërkuar askush, i ka sugjeruar Presidentit një autonomi për Kosovën do të ishte zgjidhja e duhur “pavarësisht se çfarë duan ata”.
Më pas, kur hyri në konflikt me SHBA, kryesisht nga viti 1996 e më pas, ai u përpoq të përdorte Rugovën për të radikalizuar situatën në Kosovë nën kontrollin e tij me qëllim që të bëhej faktor ndërkombëtar dhe udhëheqës i “dobishëm” për të mos destabilizuar rajonin. Rugova e refuzoi prerë dhe qartë duke ndërprerë kontaktet me të dhe nën këshillat e SHBA. Ai u përpoq të përdorte Adem Demaçin me naivitetin e tij si kundërshtar të Rugovës dhe më pas lëvizjen studentore fillimisht brenda LDK kundër Rugovës, por ai përsëri e refuzoi.
Për një kohë të gjatë, në vitet 1996–1997, i vetmi politikan shqiptar që i kishte raportet e mira me SHBA ka qenë vetëm Ibrahim Rugova, dhe shkëputja e kontakteve të tij me Sali Berishën ka qenë një kusht për mbështetjen e tij.
Kjo mëri e Berishës ndaj Rugovës vazhdoi pasi doli në opozitë në vitin 1997, kohë pas së cilës Rugova nuk shkeli më në Shqipëri deri në vitin 2004.
Arsyeja ishte Sali Berisha. Ai e refuzoi vizitën e Berishës në Kosovë në vitin 2000 duke e kthyer atë nga kufiri, dhe nuk e priti kurrë në Kosovë deri ditën që u nda nga jeta, e cila shënon dhe vizitën e parë të Berishës në Kosovë, duke marrë pjesë në varrimin e tij.
Edhe pse formalisht raportet ishin përmirësuar në rrugë protokollare, personalisht Ibrahim Rugova e refuzoi deri në fund të jetës së tij.
Kjo luftë e ftohtë mes të dyve nuk do të thotë se pushteti i Sali Berishës nuk ka kontribuar për Kosovën dhe as që Ibrahim Rugova nuk e donte Shqipërinë.
Deri në vitin 1995 ministria e jashtme e Shqipërisë dhe trupi diplomatik i saj ishin të gjithë në shërbim të çështjes së Kosovës. Sali Berisha u ftua me Ibrahim Rugovën se nuk e përdori dot për hallët e pushtetit të tij, por kjo nuk ka lidhje me shtetin shqiptar. Në përpjekje për të mbuluar luftën e tij ndaj Rugovës, Berisha përmend aktivitetet e shtetit shqiptar pro Kosovës. Ato kanë qenë padiskutim një nga kontributet më të mëdha në histori që Shqipëria ka dhënë për Kosovën. Shumë diplomatë shqiptarë të rinj të asaj kohe ishin më shumë ambasadorë të Kosovës sesa të Shqipërisë.
Por kjo nuk do të thotë asgjë për raportet mes Sali Berishës dhe Ibrahim Rugovës. Ato janë ato që janë: dy njerëz që nuk i besuan njëri-tjetrit, për shkak të përpjekjeve të Berishës për të minuar autoritetin e tij në Kosovë dhe për ta keqpërdorur atë dhe Kosovën si mjet presioni përballë SHBA në kulmin e krizës me SHBA më 1996.
Përpjekja e tij për ta retushuar historinë tani në fund të saj, është banale dhe e pakuptimtë. Berisha nuk është më as aleat politik i LDK edhe pse formalisht duket se është me të. Sali Berisha është aleat real me Albin Kurtin, në gjithë qëndrimet e tij ndaj Kosovës, pra është aty ku ishte më 1996 kundër Ibrahim Rugovës kur keqpërdorte naivitetin e Demaçit kundër Rugovës dhe studentët brenda LDK që më pas u kthyen në lëvizje studentore me Albin Kurtin më 1997.
Madje aq i zemëruar ishte Ibrahim Rugova me Berishën më 1997, sa në një konferencë të pazakontë shtypi më 7 nëntor 1997 në Prishtinë, bëri thirrje të nderohet Ramiz Alia si udhëheqësi shqiptar me më shumë merita për Kosovën:
*“Njohja e Republikës së Kosovës është bërë nën mandatin pluralist të Ramiz Alisë dhe po ashtu, siç dihet, ai është njëri nga kryetarët që ka bërë më së shumti për çështjen e Kosovës, hapjen e Zyrës sonë, njohjen e Republikës dhe fillimin e programit televiziv satelitor. Kërkojmë nga parlamenti shqiptar që t’i sigurojë Ramiz Alisë statusin e ish-Presidentit. Kosova do të ketë marrëdhënie të rregullta dhe të mira me Shqipërinë dhe deklaratat e momentit nuk do të ndikojnë shumë në këtë.”
(8 Nëntor 1997 – Gazeta Bujku)
Dhe të gjithë këtë e kishte mes të tjerash për të poshtëruar Sali Berishën dhe “kontributin” e tij për Kosovën.
Ndaj, Sali Berisha lodhet kot të retushojë një histori që është me dëshmitarë të gjallë dhe e dokumentuar. Mbi të gjitha nuk është se i hyn dhe aq shumë në punë. Në dosjen e tij të “non grata”, Ibrahim Rugova zë një peshë të rëndësishme tek pjesa e rolit që Berisha ka luajtur për minimin e stabilitetit në rajon. Nuk besoj se LaCivitës i bëjnë punë këto gënjeshtrat e reja të Berishës në publik. Ato të vjetrat janë mbajtur shënim nga vetë SHBA deri në Rambuje.
