Shala i pati konsideruar akuzat ndaj tij si “të fabrikuara”. Gjykata Speciale funksionon sipas ligjeve të Kosovës dhe aktualisht heton krimet e pretenduara të pjesëtarëve të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, të kryera kundër pakicave etnike dhe rivalëve politikë që nga janari i vitit 1998 deri në dhjetor të vitit 2000. Deri më tani, kjo Gjykatë e ka marrë një vendim lidhur me hetimet për krime lufte. Ish-komandanti i Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, Salih Mustafa, është dënuar në dhjetor të vitit 2022 me 26 vjet burgim për krime lufte. Më vonë, Apeli ia ka ulur dënimin në 22 vjet burgim.
Gjyqi ndaj Shalës ka nisur në shkurt të vitit 2023. Prokurori i rastit pretendon se prej 17 majit 1999 deri më 5 qershor 1999, Shala dhe disa ushtarë, policë dhe roje të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës kanë marrë pjesë në ndalim arbitrar, trajtim mizor, torturim dhe në një rast në vrasjen e paligjshme të një të ndaluari në fabrikën e metalit në Kukës, në veri të Shqipërisë.
Sipas aktakuzës, viktimat e këtyre krimeve kanë qenë njerëz që dyshohej se kanë bashkëpunuar me Serbinë, ose nuk e kanë përkrahur UÇK-në dhe nuk kanë marrë pjesë në luftime. Në procesin gjyqësor ndaj Shalës kanë marrë pjesë tetë viktima, që janë përfaqësuar prej një avokati. Sipas aktakuzës, Pjetër Shala ka kontribuuar në mënyrë të konsiderueshme në krimet e pretenduara, përmes pjesëmarrjes së drejtpërdrejtë dhe mosmarrjes së masave adekuate ndaj të ndaluarve në fabrikën e metalit në Kukës./REL
